解析範囲
どこまでやるか、そしてどこで止まるか。
以下はすべて、すでにお手元にあるデータの解析です。ウェット実験は行わず、シーケンスの再販もしません。
§ 1
シングルセル / シングルニュークリアスRNA-seq
カウント行列からアノテーション済みの集団へ
Cell Rangerの出力、AnnDataの .h5ad、Seuratオブジェクト、または素のカウント行列を受け付けます。
- 空ドロップレットとダブレットの処理、アンビエントRNA補正
- データセットごとのQC閾値と、その根拠の明示
- 単一の推測値ではなく、解像度の幅を取ったクラスタリング
- 自動と手動を併用した細胞型アノテーション、マーカーによる照合
- 群間比較の発現変動解析はサンプル単位へ集約
- 遺伝子セットとパスウェイのスコアリング
§ 2
空間トランスクリプトーム
シーケンスベースとイメージングベースの両方
VisiumおよびVisium HD、Stereo-seq、Xenium、CosMx、MERFISH。
- スポットと細胞のQC、組織領域の検出、画像の位置合わせ
- 空間ドメインの同定
- 空間可変遺伝子
- 対応するシングルセルリファレンスによるデコンボリューション
- 近傍統計と共局在の統計
- H&Eまたは免疫蛍光画像への重ね合わせ
§ 3
バルクRNA-seq
査読に耐える発現変動解析
- カウントから、またはFASTQから標準的な定量パイプラインを経て受け入れ
- 検定の前に実験デザインと比較対象を書き出す
- 共変量とバッチの処理
- GO、KEGG、GSEAの濃縮解析
- ボルケーノ、ヒートマップ、PCA、個別遺伝子の図をベクター形式で
§ 4
横断モジュール
上記のいずれにも重ねられるもの
- 過補正チェック付きの多サンプル統合
- 条件間の細胞組成の差解析
- 軌跡と擬時間解析
- 細胞間相互作用
- CITE-seqおよびmultiome（RNA + ATAC）の統合解析
- 公共データセットとお客様のデータを並べた再解析
対象外
できないとお伝えすること。
ウェット実験
サンプル調製、ライブラリ構築、シーケンスは行いません。それらは今の委託先をお使いください。返ってきたものから当社が引き継ぎます。
臨床・診断目的の報告
当社の成果物は研究用途です。診断的解釈は発行せず、納品物のいずれも医療機器ではありません。
すでに決めてある結論
データがその比較を支持しないなら、レポートにはそう書きます。査読者から聞くより、当社から聞くほうが安く済みます。
合うかどうか判断がつかない場合 データの説明と、知りたいことをお送りください。当社が得意とする範囲の外なら、見積を出す前に返信でその旨をお伝えします。