分析范围
完整范围，包括它到哪里为止。
下面所有内容都是针对你已有数据的分析。我们不做湿实验，也不转卖测序。
§ 1
单细胞 / 单核转录组
从表达矩阵到注释好的细胞群
接受 Cell Ranger 输出、AnnData .h5ad、Seurat 对象，或一份普通矩阵。
- 空液滴与双细胞处理、游离 RNA 校正
- 按数据集定质控阈值，并写清依据
- 在一段分辨率范围上聚类，而不是只猜一个值
- 自动加人工细胞类型注释，对着 marker 核验
- 组间差异表达先聚合到样本层面
- 基因集与通路打分
§ 2
空间转录组
测序法与成像法都做
Visium 与 Visium HD、Stereo-seq、Xenium、CosMx、MERFISH。
- spot 与细胞质控、组织区域检测、图像配准
- 空间域识别
- 空间可变基因
- 对匹配的单细胞参考集做解卷积
- 邻域与共定位统计
- 在 H&E 或免疫荧光图像上的叠加图
§ 3
Bulk RNA-seq
经得起审稿的差异表达
- 从表达矩阵接手，或从 FASTQ 走标准定量流程
- 实验设计与比较组在检验之前先写下来
- 协变量与批次处理
- GO、KEGG 与 GSEA 富集
- 火山图、热图、PCA 与单基因图，均为矢量文件
§ 4
通用模块
可以叠加在以上任意一项之上
- 多样本整合，含过度校正检查
- 条件间的丰度差异分析
- 拟时序与轨迹
- 细胞通讯
- CITE-seq 与 multiome（RNA + ATAC）联合分析
- 把公共数据集与你的数据放在一起重新分析
不在范围内
我们会直接告诉你做不了的事。
湿实验
不做样本制备、建库或测序。这些你留着原来的供应商就行 —— 他们给什么，我们就从什么开始。
临床或诊断报告
我们的产出用于科研。我们不出具诊断解读，交付物也都不是医疗器械。
你已经选好的结论
如果数据支撑不了这个比较，报告里写的就是这句话。从我们这里听到，比从审稿人那里听到便宜。
不确定合不合适？ 把数据描述和你的问题发过来。如果超出我们擅长的范围，我们会在回复里直说，而不是先报个价。