这是什么
一支按项目雇佣的生信团队。
大多数课题组需要的不是再招一个全职生信，而是把手上这份数据变成结果，并且交付日期可以排进计划。
- 不绑测序合同
测序供应商不用换
我们不卖测序，所以不会要求你从我们这里买。任何平台、任何供应商的数据都收，公共数据集也收。
- 没有起订量
一个样本也是正经项目
一张切片也是；审稿人要的一张你腾不出时间做的图，同样是。
- 不按工时计费
价格在动工之前就谈定
如果数据和描述的不一样，我们重新报价并等你回复 —— 不会事后加在账单上。
分析范围
转录组数据实际到手的三种形态。
单细胞转录组
质控与过滤、聚类、细胞类型注释、marker 基因，差异表达按个体层面而不是按细胞层面来做。
空间转录组
空间域、空间可变基因、对匹配参考集的解卷积、邻域统计，以及与组织图像配准的叠加图。
Bulk RNA-seq
先把实验设计写清楚再做差异表达，加富集分析，出的图不必为投稿重画一遍。
跨样本整合
批次校正必配过度校正检查 —— 整合得很漂亮却把生物学差异一起抹掉，是这一步最常见的翻车方式。
拟时序、丰度、通讯
拟时序、条件间的丰度差异、细胞通讯 —— 每一项所依赖的假设都会在报告里写明。
审稿意见回复
你把意见和数据发来，拿回审稿人点名要的那些图和统计量，外加一句结论会不会改变。
流程
四步，第二步之后你随时可以停。
下面这些标记是真正在我们之间流转的文件。在你拿到书面价格之前，什么都不会开始。
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.h5ad / .mtx / .csv
你把手上的东西发来
表达矩阵、Cell Ranger 或 Space Ranger 的输出目录、Seurat 或 AnnData 对象，或者一个公共数据编号。告诉我们你想做的比较是什么。
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quote.pdf
我们发回范围和价格
通常一个工作日内：做什么、你会拿到什么、固定价格、交付日期。如果你的实验设计撑不起这个比较，我们在这一步就说。
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qc.log
我们跑，然后自己查一遍
固定的质控卡点，不是凭感觉：阈值从你的数据里推出来，注释对着 marker 核过，组间比较先聚合到样本层面再检验。
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figures.pdf + .svg + .csv + .R
全部交回给你
矢量图、结果表、生成它们的代码，以及一段可以直接贴进稿件的方法学描述。
为什么能快，又不糊弄
自动化负责重复劳动。它不负责判断答案可不可信。
流程、参数扫描和出图都是自动化的 —— 这就是标准项目按天算而不是按月算的原因，也是价格能事先固定的原因。留给人来做的，是每一个「判断错了会悄悄混进论文」的地方。
阈值来自你的数据。
质控卡值按数据集推导（中位数 ± 3 MAD），不是从别人组织写的教程里抄一个。
注释要对着 marker 核。
只有经典 marker 支持时标签才保留；分不干净的群宁可留编号，也不给一个听起来很确定的名字。
组间比较先聚合到样本层面。
把几千个细胞当成几千个独立样本来检验，会把显著性放大。n 对 n 的设计我们先做 pseudobulk。
整合要做压力测试。
每一次批次校正都要检查：它有没有把你正在研究的那个效应一起去掉。
每张图都可复现。
出图脚本一并交付。审稿人一句「请去掉样本 4 重画」，花的是几分钟，而不是一个新项目。
价格
公开区间。动工前给一个固定数字。
以下为美元参考区间。书面报价会落在区间内，除非你的数据需要区间没覆盖的东西 —— 那样我们会事先说，而不是事后说。
| 服务项目 | 参考价 | 计价单位 |
|---|---|---|
| 单细胞转录组 —— 标准分析 | $380–$650 | 每样本 |
| 单细胞 —— 进阶模块 | $900–$3,200 | 每项目 |
| 空间转录组分析 | $550–$1,400 | 每张切片 |
| Bulk RNA-seq —— 差异表达 | $300–$900 | 每项目 |
| 二次分析 / 审稿意见回复 | $450–$1,800 | 每项目 |