これは何か
案件単位で雇えるバイオインフォマティクスのチームです。
多くの研究室に必要なのは、常勤のバイオインフォマティシャンをもう一人増やすことではありません。手元の1データセットを結果に変えること、そして予定に組み込める納期です。
- シーケンス契約は不要
今のシーケンス委託先はそのままで
当社はシーケンスを販売していないため、当社から購入していただく必要が一切ありません。どのプラットフォーム、どの受託先のデータでも、公共データセットでも受け付けます。
- 最低受注量なし
1サンプルでも立派な案件です
1切片でも同じです。作る時間がない図を1点求められた査読コメントも、同じく案件です。
- 時間課金なし
価格は着手前に合意します
データが説明と異なっていた場合は、再見積をお出しして回答をお待ちします。後から請求に上乗せすることはありません。
解析範囲
トランスクリプトームが実際に届く、3つの形。
シングルセルRNA-seq
QCとフィルタリング、クラスタリング、細胞型アノテーション、マーカー遺伝子。発現変動解析は細胞単位ではなく個体単位で行います。
空間トランスクリプトーム
空間ドメイン、空間可変遺伝子、対応するリファレンスによるデコンボリューション、近傍統計、組織画像に位置合わせした重ね合わせ図。
バルクRNA-seq
実験デザインを先に書き出したうえでの発現変動解析、濃縮解析、そして投稿時に描き直す必要のない図。
サンプル間統合
バッチ補正には必ず過補正チェックを付けます。見た目が美しく統合できたのに生物学的な差まで消えている — これがこの工程で最もよくある失敗だからです。
軌跡・組成・相互作用
擬時間解析、条件間の細胞組成の差、細胞間相互作用。それぞれが依拠している仮定をレポートに明記します。
査読対応
コメントとデータをお送りください。査読者が名指しで求めている図と統計、そして結論が変わるかどうかの所見をお返しします。
進め方
4ステップ。2番目の後でやめても構いません。
下の目印は、実際に当社とお客様の間を行き来するファイルです。書面の価格がお手元に届くまで、何も始まりません。
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.h5ad / .mtx / .csv
手元にあるものを送る
カウント行列、Cell RangerまたはSpace Rangerの出力フォルダ、SeuratまたはAnnDataオブジェクト、あるいは公共データのアクセッション番号。行いたい比較も併せてお知らせください。
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quote.pdf
スコープと価格が返る
通常1営業日以内。実施内容、納品物、固定価格、納期を明記します。実験デザインがその比較を支えられない場合は、この段階でお伝えします。
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qc.log
解析し、こちらで検証する
感覚ではなく決まったチェックポイントで。閾値はお客様のデータから導出し、アノテーションはマーカーで照合し、群間比較は検定の前にサンプル単位へ集約します。
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figures.pdf + .svg + .csv + .R
すべてお返しする
ベクター形式の図、結果テーブル、それを生成したコード、そして原稿にそのまま貼れるMethods段落。
なぜ速く、それでも正しいのか
自動化が担うのは反復作業です。答えが信じられるかどうかを決めるのは自動化ではありません。
パイプライン、パラメータ探索、作図は自動化されています。標準的な案件が月単位ではなく日単位で終わるのも、価格を事前に固定できるのもそのためです。人が慎重に判断し続けるのは、誤りが静かに論文まで生き延びてしまう箇所すべてです。
閾値はお客様のデータから決めます。
QCのカットオフはデータセットごとに導出します（中央値 ± 3 MAD）。他人の組織向けに書かれたチュートリアルから写しません。
アノテーションはマーカーで照合します。
正準マーカーが支持する場合にのみラベルを残します。分離しきらないクラスタには、自信ありげな名前を付けず番号のまま残します。
群間比較はサンプル単位へ集約します。
数千の細胞を数千の独立サンプルのように検定すると有意性が水増しされます。n対nのデザインではまず疑似バルク化します。
統合はストレステストにかけます。
すべてのバッチ補正について、研究対象の効果まで一緒に消していないかを確認します。
すべての図が再現可能です。
作図スクリプトごとお渡しします。査読者からの「サンプル4を除いて描き直してください」が、新規案件ではなく数分の作業で済みます。
料金
価格帯を公開し、着手前に一つの固定額を出します。
以下は米ドルでの参考価格帯です。書面見積はこの範囲に収まります。お客様のデータがこの範囲でカバーできないものを必要とする場合のみ例外で、その際は着手後ではなく事前にお伝えします。
| サービス | 参考価格 | 単位 |
|---|---|---|
| シングルセルRNA-seq — 標準解析 | $380–$650 | 1サンプルあたり |
| シングルセル — 発展モジュール | $900–$3,200 | 1案件あたり |
| 空間トランスクリプトーム解析 | $550–$1,400 | 1切片あたり |
| バルクRNA-seq — 発現変動解析 | $300–$900 | 1案件あたり |
| セカンドオピニオン再解析 / 査読対応 | $450–$1,800 | 1案件あたり |