분석 범위
어디까지 하는지, 그리고 어디에서 멈추는지.
아래는 모두 이미 가지고 계신 데이터에 대한 분석입니다. 저희는 웨트랩 작업을 하지 않으며, 시퀀싱을 재판매하지도 않습니다.
§ 1
단일세포 / 단일핵 RNA-seq
카운트 행렬에서 주석된 집단까지
Cell Ranger 출력, AnnData .h5ad, Seurat 객체 또는 일반 행렬을 받습니다.
- 빈 액적 및 이중세포 처리, 앰비언트 RNA 보정
- 데이터셋별 QC 임계값과 그 근거 제시
- 하나의 추측값이 아니라 해상도 구간에 걸친 클러스터링
- 자동과 수동을 병행한 세포 유형 주석, 마커로 검증
- 군 간 비교의 차등 발현은 샘플 단위로 집계
- 유전자 세트 및 경로 스코어링
§ 2
공간 전사체
시퀀싱 기반과 이미징 기반 모두
Visium 및 Visium HD, Stereo-seq, Xenium, CosMx, MERFISH.
- 스팟 및 세포 QC, 조직 영역 검출, 이미지 정합
- 공간 도메인 식별
- 공간 가변 유전자
- 대응하는 단일세포 레퍼런스를 이용한 디컨볼루션
- 이웃 및 공동 국재 통계
- H&E 또는 면역형광 이미지 위 오버레이
§ 3
벌크 RNA-seq
심사를 통과하는 차등 발현
- 카운트에서, 또는 FASTQ에서 표준 정량 파이프라인을 거쳐 인계
- 검정 전에 설계와 대조군을 기록
- 공변량 및 배치 처리
- GO, KEGG, GSEA 농축 분석
- 화산도, 히트맵, PCA, 유전자별 패널을 벡터 파일로
§ 4
공통 모듈
위 어느 것에도 얹을 수 있는 모듈
- 과보정 검사를 포함한 다중 샘플 통합
- 조건 간 세포 구성 차이 분석
- 궤적 및 의사시간
- 세포 간 상호작용
- CITE-seq 및 multiome(RNA + ATAC) 통합 분석
- 공개 데이터셋을 귀 연구실 데이터와 함께 재분석
범위 밖
못 한다고 말씀드릴 일들.
웨트랩 작업
시료 전처리, 라이브러리 제작, 시퀀싱은 하지 않습니다. 그 부분은 쓰시던 업체를 유지하세요. 저희는 그쪽에서 나온 결과부터 이어받습니다.
임상 또는 진단 보고
저희 결과물은 연구용입니다. 진단적 해석을 발행하지 않으며, 납품물 중 어느 것도 의료기기가 아닙니다.
이미 정해 놓으신 결론
데이터가 그 비교를 뒷받침하지 않으면 보고서에는 그렇게 적힙니다. 심사자에게 듣는 것보다 저희에게 듣는 편이 쌉니다.
맞는지 확신이 서지 않는다면 데이터 설명과 궁금한 점을 보내주세요. 저희가 잘하는 범위 밖이라면 견적을 내는 대신 회신에서 그렇다고 말씀드립니다.